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保税区是中国继经济特区、经济技术开发区、国家高新技术产业开发区之后，经国务院批准设立的新的经济性区域。由于保税区按照国际惯例运作，实行比其他开放地区更为灵活优惠的政策，它已成为中国与国际市场接轨的“桥头堡”。因此，保税区在发展建设伊始就成为国内外客商密切关注的焦点。
保税区具有进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等功能，享有“免证、免税、保税”政策,实行“境内关外”运作方式，是中国对外开放程度最高、运作机制最便捷、政策最优惠的经济区域之一。
1990年6月，经中央批准，在上海创办了中国第一保税区——上海外高桥保税区。1992年以来，国务院又陆续批准设立了14个保税区和一个享有保税区优惠政策的经济开发区，即天津港、大连、张家港、深圳沙头角、深圳福田、福州、海口、厦门象屿、广州、青岛、宁波、汕头、深圳盐田港、珠海保税区以及海南洋浦经济开发区。目前全国15个保税区隔离设施已全部经海关总署验收合格，正式投入运营。
1992年，在邓小平同志南巡讲话发表之后，各保税区纷纷加快了实质性启动，基本建设进展迅速，初步形成了招商引资的软硬环境，海内外客商投资踊跃，大多数保税区首期开发区域的土地已批租或出让完毕，并在进一步开发二期工程，吸引外资工作也出现了可喜的局面。
经过多年的探索和实践，全国各个地区的保税区已经根据保税区的特殊功能和依据地方的实际情况，逐步发展成为当地经济的重要组成部分，目前集中开发形成的功能有保税物流和出口加工。
随着中国加入WTO，全国保税区逐步形成区域性格局，南有以广州、深圳为主的珠江三角洲区域，中有以上海、宁波为主的长江三角洲区域，北有以天津、大连、青岛为主的渤海湾区域，三个区域的保税区成为中国与世界进行交流的重要口岸，并形成独特的物流运作模式。
一、保税区的特殊政策
1、关税政策
从境外进入保税区的货物，其进口关税和进口环节税，除法律、法规另有规定外，按照下列规定办理：
a．区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和其他基建物资，予以免税；
b．区内企业自用的生产、管理设备和自用合理数量的办公用品及其所需的维修零配件、生产用燃料，建设生产厂房、仓储设施所需的物资、、设备，予以免税；
c．保税区行政管理机构自用合理数量的管理设备和办公用品及其所需的维修零配件，予以免税；
d．区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物件、予以保税。
上述规定范围以外的货物或者物品从境外进入保税区，应当贪污纳税。
转口货物和在保税区内储存的货物按照保税货物管理。

2、手续从简
保税区与境外之间进出口的货物，由货物的收、发货人或其代理人向海关备案。对上述货物除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证管理。

二、对保税区进出货物的监管
1、对保税区与非保税区之间进出货物的监管
a．从保税区进入非保税区的货物，按照进口货物办理手续；从非保税区进入保税区的货物，按照出口货物办理手续，出口退税按照国家有关规定办理。
海关对保税区与非保税区之间进出的货物，按照国家有关进出口管理的规定实施监管。
b．从非保税区进入保税区供区内使用的机器、设备、基建物资和物品，使用单位应当向海关提供上述货物或者物品的清单，经海关查验后放行。
前款货物或者物品，已经缴纳进口关税和进口环节税收的，已纳税款不予退还。
c．保税区的货物需从非保税区口岸进出口或者保税区内的货物运往另一保税区的，应当事先向海关提出书面申请，经海关批准后，按照海关转关运输及有关规定输。
2、对区内货物的监管
a．保税区内的货物可以在区内企业之间转让、转移；双方当事人应当就转让、转移事项向海关备案。
b．保税区内的转口货物可以在区内仓库或者区内其他场所进行分级、挑选、刷巾标志、改换包装形式等简单加工。
c．区内企业在保税区内举办境外商品和非保税区商品的展示活动，展示的商品应当接受海关监管。
3、对区内加工贸易货物的管理
a．区内加工企业应当向海关办理所需料、件进出保税区备案手续。
b．区内加工企业生产属于补动配额管理的出口产品，应当事先经国务院有关主管部门批准。
c．区内加工企业加工的制成品及其在加工过程中产生的边角余料运往境外时，应当按照国家有关规定向海关办理手续；除法律、行政法规另有规定外，免征出口关税。
区内加工企业将区内加工的制成品、副次品或者在加工过程中产生的边角余料运往非保税区时，应当按照国家有关规定向海关办理进口报关手续，并贪污纳税。
d．区内加工企业全部用境外运入料、件加工的制成品销往非保税区时，海关按照进口制成品征税。
用含有境外运入料、件加工的制成品销往非保税区时，海关对其制成品按照所含境外运入料、件征税；对所含境外运入料、件的品名、数量、价值申报不实的，海关按照进口制成品征税。
e．区内加工企业委托非保税区企业或者接受非保税区企业委托进行加工业务，应当事先经海关批准，并符合下列条件：
●在区内拥有生产场所，并已经正式开展加工业务；
●委托非保税区企业的加工业务，主要工序应当在区内进行；
●委托非保税区企业加工业务的期限为6个月；有特殊情况需要延长期限的，应当向海关申请展期，展期期限为6个月。在非保税区加工完毕的产品应当运回保税区；需要从非保税区直接出口的，应当向海关办理核销手续；
●接受非保税区企业委托加工的，由区内加工企业向海关办理委托加工料、件的备案手续，委托加工的料、件及产品应当与区内企业的料、件及产品分别建立帐册并分别使用。加工完毕的产品应当运回非保税区企业，并由区内加工企业向海关销案。
f．海关对区内加工企业进料加工、来料加工业务，不实行加工贸易银行保证金台帐制度。
委托非保税区企业进行加工业务的，由非保税区企业向当地海关办理合同登记备案手续，并实行加工贸易银行保证金台帐制度。
4、对进出保税区运输工具和个人携带物品的监管
a．运输工具和人员进出保税区，应当经由海关指定的专用通道，并接受海关检查。
b．进出保税区的运输工具的负责人，应当持保税区主管机关批准的证件连同运输工具的名称、数量、牌照号码及驾驶员姓名等清单，向海关办理登记备案手续。